Já antes de 1983, o Partido Verde contava com fundações estatais próprias afiliadas ao partido em âmbito regional, as quais em um determinado momento procuraram se aglutinar em uma fundação a nível federal. A Frauenanstiftung, liderada por mulheres do movimento feminista, realizou a Conferência Federal de Grupos Pacifistas Independentes e o Congresso Federal de Grupos de Ativistas no Movimento de Desenvolvimento .
 
A iniciativa para a constituição da Fundação Heinrich Böll teve a participação decisiva de alguns políticos do Partido Verde, especialmente Lukas Beckmann e Christa Nickels, em setembro de 1986 em Colônia. Em 1º de julho de 1988, os representantes das fundações regionais se associaram na "Buntstift-Föderation", a qual, por sua vez, em 26 de julho de 1988 deu lugar a uma federação de fundações chamada "Regenbogen". Em 15 de agosto do mesmo ano, o conselho federal dos Verdes reconheceu a fundação Regenbogen como uma das fundações politicamente próximas ao Partido Verde.

A fusão das fundações individuais na nova Fundação Heinrich Böll foi encaminhada durante uma assembléia nacional dos Verdes em março de 1996, em Mainz (Mogúncia). Durante esta reunião, a democracia de gênero ficou estabelecida nos estatutos como tema comum e transversal. O combate à discriminação contra lésbicas e homossexuais também foi considerada prioridade, além da política de migrações. A nova Fundação Heinrich Böll iniciou seus trabalhos em 1º de julho de 1997 em sua sede no coração de Berlim, no conjunto arquitetônico denominado "Hackesche Höfe".
A nova sede da Fundação Heinrich Böll em Schuhmannstraße,  foi inaugurada em 2008.